1. Struktūra ir veikimo principas: Dujų chromatografijos-masių spektrometrija (GC-MS) yra prietaisas, kuris prie dujų chromatografo prideda masės spektrometrijos detektorių. Dujų chromatografas naudoja dujas kaip nešančias dujas, šildo ir išgarina mėginį į dujų fazę ir perduoda jį išilgai chromatografinės kolonėlės į detektorių. Dujų chromatografijos-masių spektrometre dujos taip pat naudojamos kaip nešančiosios dujos mėginiui šildyti ir išgarinti į dujų fazę. Tačiau po chromatografijos mėginio molekulės jonizuojamos jonų šaltiniu, todėl susidaro jonų srautas, kuris perduodamas į masės spektrometrijos detektorių aptikimui. Analizatoriumi atlikus analizę, detektorius įrašo signalą, kad gautų informaciją apie mėginio sudėtį. Todėl dujų chromatografijos-masių spektrometrija turi dvejopą dujų chromatografijos-masių spektrometrijos pranašumą.
2. Jautrumas ir skiriamoji geba. Dujų chromatografijos masės spektrometro jautrumas ir skiriamoji geba yra didesni nei dujų chromatografijos masės spektrometro, nes ant dujų chromatografo viršaus yra pridėtas masės spektrometrijos detektoriaus sluoksnis. Dujų chromatografija-masių spektrometrija gali analizuoti sudėtingesnius mėginius ir aptikti junginius, kurių kiekis labai mažas.
3. Kaina: Palyginti su dujų chromatografais, dujų chromatografijos-masių spektrometrija (GC-MS) turi papildomą masių spektrometrijos detektoriaus sluoksnį, todėl jo kaina taip pat yra didesnė nei dujų chromatografijos. Tinka situacijose, kai keliami aukšti reikalavimai aptikimo tikslumui, analizės gyliui ir jautrumui atliekant tyrimus.
Apibendrinant galima pasakyti, kad dujų chromatografijos-masių spektrometrija (GC-MS) sujungia dujų chromatografijos-masių spektrometriją (GC-MS) su masių spektrometrijos detektoriumi, kuris gali analizuoti sudėtingesnius mėginius su didesniu jautrumu ir skyra. Jis tinka tais atvejais, kai atliekant tyrimus reikalingas didelis aptikimo tikslumas, analizės gylis ir jautrumas, tačiau kaina taip pat yra didesnė.