Pagrindinę dujų chromatografo struktūrą sudaro dvi dalys: analizės blokas ir ekrano blokas. Pirmoji daugiausia apima dujų šaltinį ir kontrolinį matavimo prietaisą, mėginių ėmimo įrenginį, termostatą ir chromatografinę kolonėlę. Pastarieji daugiausia apima tikrintuvus ir automatinius įrašymo įrenginius. Chromatografinė kolonėlė (įskaitant stacionariąją fazę) ir kalibratorius yra pagrindiniai dujų chromatografo komponentai.
(1) Nešančių dujų sistema Dujų chromatografo dujų grandinė yra uždara vamzdynų sistema, kurioje nepertraukiamos dujos teka. Visai nešančiųjų dujų sistemai reikia grynų nešančiųjų dujų, gero sandarumo, stabilaus srauto ir tikslaus srauto matavimo.
(2) Mėginių ėmimo sistema Mėginių ėmimas – tai greitas ir kiekybinis dujų arba skysčio mėginio įpilimas į viršutinį chromatografinės kolonėlės galą.
(3) Atskyrimo sistema Atskyrimo sistemos šerdis yra chromatografinė kolonėlė, kuri naudojama kelių komponentų mėginiams atskirti į atskirus komponentus. Yra dviejų tipų chromatografinės kolonėlės: supakuotos kolonėlės ir kapiliarinės kolonėlės.
(4) Aptikimo sistemos detektoriaus funkcija yra paversti chromatografine kolonele atskirtus mėginio komponentus į elektrinius signalus pagal jų charakteristikas ir turinį, o po stiprinimo įrašymo įrenginys juos įrašo į chromatogramą.
(5) Signalų įrašymo arba kompiuterinių duomenų apdorojimo sistema Pastaraisiais metais dujų chromatografuose daugiausia naudojami chromatografinių duomenų procesoriai. Chromatografijos duomenų procesorius gali atspausdinti ir įrašyti chromatogramą, taip pat gali išspausdinti apdorotus rezultatus, tokius kaip sulaikymo laikas, išmatuotų komponentų masės dalis ir kt. ant to paties įrašymo popieriaus.
(6) Temperatūros valdymo sistema Naudojama chromatografinės kolonėlės, detektoriaus ir dujinimo kameros temperatūrai valdyti ir matuoti bei yra svarbi dujų chromatografo dalis. Dujų chromatografai skirstomi į dvi kategorijas: viena yra dujų ir kietų medžiagų chromatografai, o kita – dujų ir skysčių paskirstymo chromatografai. Stacionarios fazės, atskirtos šių dviejų tipų chromatografais, yra skirtingos, tačiau prietaisų struktūra yra bendra.